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大曲的微生物主要包括四類：即霉菌、細菌、酵母菌、放線菌。放線菌為數(shù)不多，在大曲中的作用尚不十分明顯。

大曲里的霉菌主要包括曲霉屬、根霉屬、毛霉屬、青霉屬等，這其中曲霉屬、根霉屬、毛霉屬為有益菌，曲霉是具體的糖化菌，是大曲和其它曲中比較多的菌；根霉是具體的糖化菌，具有很高的糖化力；毛霉因為其形狀似秀發(fā)狀而出名，生產(chǎn)制造上經(jīng)常稱為長“水毛”的大部分便是毛霉，歸屬于感染菌，可以說是有害菌。青霉在大曲或制酒生產(chǎn)制造上徹底歸屬于有害菌，對大曲中其它有利微生物有著非常大的抑制力，并且能使酒呈苦澀味。

酵母是一類單細胞生物真菌，在有氧無氧條件下都可以存活，歸屬于兼性厭氧菌。在缺少氧氣時，發(fā)酵型的酵母可以將糖原類轉換變成二氧化碳與乙醇(俗稱酒精)，這也是為什么白酒釀造必須密封發(fā)酵的重要原因。大曲里的酵母菌有酒精酵母、產(chǎn)酯酵母假絲酵母屬等。